Enfeksiyonlar haricinde birçok hastalık boğaz ağrısına sebep olabilir. Örneğin, boğazın kendi enfeksiyonu olmamasına rağmen burunlardan, sinüslerden akan ya da akciğerden kaynaklanan akıntılar boğazda tahrişe yol açarak boğaz ağrısına sebep olabilir.