Boğaz ağrısının en önemli sebebi enfeksiyonlardır. Enfeksiyondan kastettiğimiz mikrobik hastalıklardır. Bunların içinde "akut faranjitler" denilen hastalıklar vardır. En önemli mikrop grupları, virüsler ve bakterilerdir. İkisinin tedavi yöntemleri birbirinden farklıdır. Özelliksiz virüsler, kendi kendilerine bir hafta içinde tamamen iyileşen hastalıklar iken, bakterilerde antibiyotik kullanımını gerektiren farklı bir tedavi süreci vardır.